| Hinrunde: |
| 31.7.98 | FC St. Pauli | - | Tennis Borussia Berlin | 1 : 0 |
| Mason (67.)
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| 15.110 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 9.8.98 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1 : 0 |
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| Reichel (89. Elfmeter) |
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| 7.500 Zuschauer im Playmobil-Stadion |
| 13.8.98 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 1 : 0 |
| Maxhuni (57.)
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| 13.261 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 17.8.98 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 3 : 0 |
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| Krieg (35.),
Guie-Mien (43.),
Stumpf (45.) |
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| 16.500 Zuschauer im Wildparkstadion |
| 24.8.98 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1 : 2 |
| Sawitschew (87.)
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| Labadia (4.),
Reyna (67.)
| |
| 12.881 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 14.9.98 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 1 : 4 |
| Vucevic (44.)
|
| Mason (15.),
Chmielewski (16.),
Marin (27.), Scherz (43.)
| |
| 10.000 Zuschauer im Müngersdorfer Stadion |
| 20.9.98 | FC St. Pauli | - | SpVgg Unterhaching | 1 : 1 |
| Trulsen (90.)
|
| Garcia (33.)
| |
| 13.295 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 27.9.98 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 3 : 0 |
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| Hecking (13.), (19. Elfmeter.), (37.)
|
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| 15.000 Zuschauer im Niedersachsenstadion |
| 2.10.98 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 0 : 1 |
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| Trkulja (35.)
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| 13.400 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 18.10.98 | FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 3 : 0 |
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| Policella (64.),
Sahin (85.),
Demandt (87.)
|
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| 7.400 Zuschauer im Stadion am Bruchweg |
| 25.10.98 | FC Gütersloh | - | FC St. Pauli | 1 : 4 |
| Choroba (30.)
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| Wolf (5.),
Seeliger (30.),
Scherz (88.),
Karaca (90.)
| |
| 6.000 Zuschauer im Heidewaldstadion |
| 1.11.98 | FC St. Pauli | - | FC Energie Cottbus | 1 : 1 |
| Klasnic (73.)
|
| Rath (49.)
| |
| 12.980 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 8.11.98 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3 : 2 |
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| Lipinski (46. Elfmeter),
Weber (54.),
Toborg (67.)
|
| Trulsen (35.),
Scherz (81.)
| |
| 4.128 Zuschauer im Niederrheinstadion |
| 15.11.98 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0 : 0 |
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| 11.526 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 20.11.98 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2 : 2 |
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| Dobrowolski (50.),
Tare (87.)
|
| Scherz (18.),
Stanislawski (45.)
| |
| 6.000 Zuschauer im Rheinstadion |
| 1.12.98 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen | 2 : 3 |
|
| Sawitschew (61.),
Puschmann (72.)
|
| van de Haar (33.),
van der
Ven (44.),
von Ahlen (89.)
| |
| 11.563 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 22.2.99 | Stuttgarter Kickers | - | FC St. Pauli | 1 : 3 |
| Sailer (73.)
|
| Marin (55.),
Mason (69.),
Scherz (81.)
| |
| 2.500 Zuschauer im Waldaustadion |
| Rückrunde: |
| 4.3.99 | Tennis Borussia Berlin | - | FC St. Pauli | 0 : 2 |
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| Trulsen (45. Elfmeter),
Marin (83.)
| |
| 4.618 Zuschauer im Momsenstadion |
| 20.12.98 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 0 : 2 |
|
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| Reichel (18.),
Türr (88.) | |
| 10.974 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 26.2.99 | SG Wattenscheid 09 | - | FC St. Pauli | 4 : 2 |
|
| Dikhtiar (12.),
Sane (31.),
(54.),
Feinbier (47.) |
| Stevanovic (19.),
Puschmann (26.)
| |
| 2.700 Zuschauer im Lohrheide-Stadion |
| 7.3.99 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1 : 0 |
| Marin (67.)
|
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| 15.109 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 12.3.99 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 0 : 0 |
|
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| 13.107 Zuschauer auf der Alm |
| 22.3.99 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln | 0 : 0 |
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| 15.008 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 1.4.99 | SpVgg Unterhaching | - | FC St. Pauli | 2 : 1 |
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| Seifert (36.),
Zimmermann (90.)
|
| Stevanovic (89.)
| |
| 3.800 Zuschauer im Stadion am Sportpark |
| 12.4.99 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0 : 2 |
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| Kehl (41.),
Morinas (55.)
| |
| 15.502 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 16.4.99 | SSV Ulm 1846 | - | FC St. Pauli | 4 : 1 |
|
| Unsöld (35.),
Eigentor (45.),
Zdrilic (73., 84.)
|
| Marin (32.)
| |
| 8.000 Zuschauer im Donaustadion |
| 23.4.99 | FC St. Pauli | - | FSV Mainz 05 | 2 : 1 |
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| Lotter (80.),
Karaca (90.)
|
| Klopp (33.)
| |
| 12.543 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 30.4.99 | FC St. Pauli | - | FC Gütersloh | 1 : 0 |
| Klasnic (15.)
|
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| 13.656 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 9.5.99 | FC Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 0 : 3 |
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| Marin (13.), (45.),
Klasnic (25.)
| |
| 10.059 Zuschauer im Stadion der Freundschaft |
| 14.5.99 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1 : 1 |
| Marin (9.)
|
| Lipinski (52.)
| |
| 13.841 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 23.5.99 | Fortuna Köln | - | FC St. Pauli | 1 : 1 |
| Younga-Mouhani (90.)
|
| Lotter (79.)
| |
| 5.100 Zuschauer im Stadion Köln-Süd |
| 28.5.99 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 5 : 0 |
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| Hanke (24.),
Meggle (39.), (64.),
Trulsen (54. Elfmeter),
Klasnic (56.)
|
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| 13.476 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |
| 13.6.99 | KFC Uerdingen | - | FC St. Pauli | 1 : 1 |
| Scherbe (48. Elfmeter)
|
| Marin (17.)
| |
| 9.000 Zuschauer im Grotenburg-Stadion |
| 17.6.99 | FC St. Pauli | - | Stuttgarter Kickers | 6 : 2 |
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| Klasnic (10.), (28.),
(53.), (70.), Marin (30.),
Hanke (62.) |
| Minkwitz (10.),
Kevric (12.)
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| 16.000 Zuschauer im Wilhelm-Koch-Stadion |